אגף הרפואה באיחוד הצלה מתווה את המדיניות הרפואית המקצועית של הארגון ופועל ליישמה באופן אחיד מול כלל המתנדבים. האגף אחראי לקביעת התוכן המקצועי בכלל ההשתלמויות של מתנדבי הארגון, זאת על פי נהלי משרד הבריאות. כמו כן, מנהלי האגף קובעים את דרישות ההכשרה בקורסים השונים שמקיים הארגון.
מנהלי האגף מבצעים תחקירים רפואיים על אירועים ומקרים חריגים בהם טיפלו מתנדבי הארגון זאת על מנת ללמוד ולהסיק מסקנות בנוגע למקרים דומים בעתיד. איחוד הצלה אימץ נהלי טיפול ועבודה על פי פרוטוקולים של ארגון הלב האמריקאי AHA ועל פי עקרונות ה- PHTLS החתומים ומאושרים על פי המנהל הרפואי. כמו כן, אגף הרפואה מבצע ביקורות שוטפות ובקרות ציוד למתנדבים בכדי לוודא שהציוד אשר ברשותם הינו לפי התקן ובתוקף.