אגף לוגיסטיקה באיחוד הצלה מלווה את כל פעולות הארגון ברחבי הארץ ונותן מענה תחזוקתי ולוגיסטי לפעולות אגפי הארגון, סניפיו ופעילותו המבצעית ברחבי הארץ. מנהלי האגף ועובדיו נותנים מענה בתחומי התחזוקה, השינוע והציוד בכל היבטי פעילות הארגון. הם פועלים במרכז הלוגיסטי של איחוד הצלה אשר ממוקם באזור התעשייה הר-טוב בבית שמש ומשם משונע כלל הציוד הנדרש לכל רחבי הארץ. כמו כן, אחראים עובדי האגף על ההכנות לביקורי אחמי"ם ותורמים במטה הארצי של איחוד הצלה ועל הקמה וארגון טכני של אירועים וטקסים רשמיים של הארגון. כמו כן, בשעות חירום, מופקדים עובדי אגף הלוגיסטיקה על הקמת חפ"ק ובניית מרפאות באירועים שונים. את אגף הלוגיסטיקה מנהל בני לופס.